Klaipėdos universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas rengia ir Klaipėdos universiteto leidykloje leidžia du tarptautinius recenzuojamų mokslo darbų žurnalus:
- Acta Historica Universitatis Klaipedensis (leidžiama nuo 1993 m.);
- Archaeologia Baltica (leidžiama nuo 1995 m.; BRIAI rengia nuo 2006 m.)
Be to, Institutas šiuo metu leidžia dvi teminių mokslo darbų serijas:
Instituto mokslininkai rengia monografijas (žr. monografijų sąrašą), studijas, sintezes, straipsnių rinkinius, mokslo populiarinimo veikalus, šaltinių publikacijas (žr. kitų leidinių sąrašą).