Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto biblioteka yra Klaipėdos universiteto bibliotekos padalinys. Šiuo metu jos fondus sudaro daugiau kaip 35 tūkst. vienetų knygų ir periodinių leidinių lietuvių, anglų, vokiečių, rusų, lenkų, lotynų, švedų, danų, latvių, estų, prancūzų ir kitomis kalbomis.
Bibliotekos fondai išsiskiria tematikos specializacija, kadangi čia kaupiamos knygos didžiąja dalimi yra susijusios su Baltijos jūros regiono proistore ir istorija, archeologijos ir istorijos tyrimų metodika, Prūsijos, Rytų Prūsijos ir Žemaitijos regionų istorija ir kultūros paveldu, povandeniniu kultūros paveldu, kultūrų santykiais Baltijos jūros regione.
Bibliotekos fondai nuolat pildomi, komplektuojant juos Klaipėdos universiteto bibliotekos, Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto partnerių ir rėmėjų Lietuvoje ir užsienyje bei Instituto darbuotojų pastangomis.
