Evangeliškosios teologijos centras yra Klaipėdos universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto padalinys.
Centras buvo įsteigtas 1992 m. Lietuvos evangelikų liuteronų konsistorijos iniciatyva. Iš pradžių priklausęs KU Humanitarinių mokslų fakultetui, 1994–2013 m. Centras funkcionavo kaip šio fakulteto Teologijos katedros mokslinė ir praktinė bazė, kurios tikslas buvo komplektuoti dalykinę biblioteką, plėtoti mokslinius tyrimus ir akademinius kontaktus. Svarbiausia Teologijos katedros funkcija buvo teologijos specialistų ir evangelikų kunigų ruošimas Lietuvos evangelikų liuteronų ir evangelikų reformatų bažnyčioms.
2013 m. Teologijos katedrą uždarius, 2014 m. balandžio 30 d. KU Tarybos nutarimu Centras nuo 2014 m. liepos 1 d. perkeltas iš Humanitarinių mokslų fakulteto į Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutą.
1992–2000 m. KU HMF Evangeliškosios teologijos centrui vadovavo Prof. Dr. Hans Helmut Jürgen Arnašius. 2001–2014 m. Centro direktoriumi buvo doc. dr. Arūnas Baublys.