Klaipėdos universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas vykdo istorijos ir archeologijos krypties doktorantūros studijas. Priėmimas į doktorantūros studijas vykdomas kasmet vasaros metu (žr. daugiau).
Galimybė studijuoti istorijos krypties doktorantūroje Klaipėdos universitete atsirado 2003 m., kai Lietuvos Respublikos Vyriausybė suteikė teisę Klaipėdos universitetui kartu su Lietuvos istorijos institutu (Vilnius) teikti humanitarinių mokslų daktaro kvalifikaciją istorijos kryptyje (05H). Doktorantų priėmimas į šią doktorantūros instituciją buvo vykdomas iki 2010 m. Per dvylika jungtinės institucijos egzistavimo metų, joje buvo apgintos 37 daktaro disertacijos. Kelios jų įvertintos aukštais Lietuvos ir užsienio šalių apdovanojimais. Beveik pusė apgintų disertacijų yra paskelbtos monografijų pavidalu.
2011 m. birželio 21 d. Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro įsakymu Klaipėdos universitetui pratęsta teisė vykdyti doktorantūros studijas istorijos kryptyje (05H) kartu su Vytauto Didžiojo universitetu (darkart pratęsta 2019 m. vasario 22 d. Lietuvos Respublikos švietimo, mokslo ir sporto ministro įsakymu). Nuo 2011 m. doktorantai priimami į Klaipėdos universiteto ir Vytauto Didžiojo universiteto istorijos krypties* jungtinės doktorantūros instituciją.
* 2019 m. vasario 20 d. Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro įsakymu nr. V-156 humanitarinių mokslų srities istorijos kryptis (05H) pertvarkyta į Humanitarinių mokslų (H000) srities kryptį Istorija ir archeologija (H005).