2013 m. kovo 1 d. – 2015 m. rugsėjo 30 d. KU BRIAI vykdė Lietuvos mokslo tarybos finansuojamą mokslininkų grupių projektą „Paramilitarinių organizacijų reikšmė valstybės gynybos sistemoje: Lietuvos šaulių sąjungos atvejis“. Projekte dalyvavo: dr. Vygantas Vareikis (projekto vadovas), dr. Jonas Vaičenonis, dr. Hektoras Vitkus ir dr. Vytautas Jokubauskas. Projektą finansavo Lietuvos mokslo taryba, po mokslininkų grupių projektų IV kvietimo konkurso skyrusi projektui vykdyti daugiau kaip 330 tūkst. Lt. (apie 96 tūkst. eurų).
Projekto tikslas buvo remiantis Lietuvos šaulių sąjungos (LŠS) atvejo tyrimu, nustatyti paramilitarinių organizacijų naudojimo valstybės gynybos sistemoje galimybes ir išanalizuoti, kokiu mastu partizaniniam karui tarpukario Lietuvoje rengti šauliai dalyvavo ginkluotoje antisovietinėje rezistencijoje.
Projekto uždaviniai buvo:
- Išanalizuoti, kokios aplinkybės nulėmė paramilitarinės organizacijos (Lietuvos šaulių sąjungos) susikūrimą ir darė įtaką jos veikimui Lietuvoje, atsižvelgiant į Šiaurės Rytų Baltijos ir Vidurio Rytų Europos kontekstą.
- Nustatyti LŠS vietą tarpukario Lietuvos kariuomenės gynybinėje sistemoje, Baltijos šalių ir Suomijos atvejų kontekste ir kokią įtaką šaulių karinis rengimas turėjo ginkluotai antisovietinei rezistencijai Lietuvoje.
- Remiantis lyginamuoju paramilitarinių organizacijų Baltijos regiono šalyse tyrimu, išanalizuoti tarpukario Lietuvos „sušaulinimo“ ideologiją ir LŠS nuostatas tautinių mažumų atžvilgiu.
- Analizuojant ir sisteminant gautus empirinius duomenis nustatyti buvusių LŠS narių kokybinį ir kiekybinį vaidmenį Lietuvos ginkluotoje antisovietinėje rezistencijoje.
- Įvardyti, kaip XX a. pirmosios pusės partizaninio pasipriešinimo Lietuvoje patirtis eventualiai galėtų būti pritaikyta Lietuvos valstybės kariniam saugumui užtikrinti XXI amžiuje.
Vykdant projektą tyrimui reikalinga medžiaga buvo renkama Lietuvos centriniame valstybės archyve ir Lietuvos ypatingajame archyve, mokslinėse bibliotekose Lietuvoje, Latvijoje, Estijoje, Lenkijoje, Suomijoje ir Čekijoje. Klaipėdoje ir Kaune projekto vykdymo metu surengti trys moksliniai seminarai, tyrimų rezultatai pristatyti mokslinėse publikacijose ir tarptautinėse konferencijose Lenkijoje ir Latvijoje. Parengtos ir išleistos dvi monografijos (iš jų viena kolektyvinė) bei tarpukario Lietuvos šaulių vardinis žinynas (faksimiliniai dokumentai).