Baltijos regiono istorijos istorijos ir archeologijos instituto bibliotekoje yra saugomos šios kolekcijos:
- Istoriko prof. Leono Mulevičiaus (1927–1993) knygų rinkinys;
- Numizmatikos tyrinėtojo Stasio Janušonio (1937–1983) knygų rinkinys (lėšas jam įsigyti skyrė Klaipėdos universitetas);
- Istoriko dr. Rimanto Jaso (1929–2002) knygų rinkinys (lėšas jam įsigyti skyrė Atviros Lietuvos fondas);
- Archeologo prof. habil. dr. Vytauto Kazakevičiaus (1951–2005) knygų rinkinys (2006 m. padovanojo našlė Danutė Kazakevičienė);
- Buvusios Lietuvos Respublikos atstovybės Prancūzijoje knygų rinkinys (2010 m. Instituto bibliotekai perdavė Lietuvos Respublikos užsienio reikalų ministerija);
- Čikagos lietuvininkų evangelikų liuteronų parapijos „Tėviškė“ archyvas ir spaudinių rinkinys (perduota Institutui 2011 m.);
- JAV lietuvių istoriko dr. Algirdo Martyno Budreckio (1937–2000) knygų ir rankraščių rinkinys (2013 m. Instituto bibliotekai perdavė istoriko našlė);
- Latvijos archeologų dr. Vladislovo Urtano (Vladislavs Urtāns, 1921–1989) (2015 m. Instituto bibliotekai dovanojo archeologo sūnus Juris Urtāns) ir dr. Jurio Urtano knygų rinkinys.
