Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto veiklos pirmtakas – 1992 m. sausį Klaipėdos universitete pradėjęs veikti Vakarų Lietuvos ir Prūsijos istorijos centras (VLPIC). Tai buvo pirmoji Lietuvoje mokslinių tyrimų institucija, kurioje sutelktas istorikų ir archeologų kolektyvas vykdė profesionalius regioninės praeities tyrimus.
Istorijos centro įkūrimas Klaipėdoje atliepė po didžiųjų politinių XX a. 9-ojo dešimtmečio pabaigos pokyčių Europoje sustiprėjusias tarptautinės istorikų bendruomenės pastangas pereiti nuo ideologizuotų ginčų į dialogą ir diskusijas, vertinti vieni kitus ne per nuolatinės konfrontacijos, bet per sambūvio prizmę, ieškoti ne tik skiriančių, bet ir jungiančių elementų regiono praeityje. Klaipėda istoriškai buvo lietuvių ir vokiečių sambūvio vieta. Neatsitiktinai būtent šiame mieste įkurto Istorijos centro veikla buvo labiausiai orientuojama į vokiečių ir lietuvių santykių pažinimą nuo viduramžių iki XX amžiaus. Vis dėlto tai buvo tik viena iš Istorijos centre tyrinėtų sričių, kadangi ši institucija siekė skatinti visų tautų savitarpio supratimą ir kultūrinę toleranciją Baltijos jūros regione.
Mokslinėje veikloje VLPIC darbuotojai daugiausia dėmesio skyrė Vokiečių ordino Prūsijoje ir Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės santykiams viduramžiais, šių politinių darinių visuomenių raidai, vokiečių ir lietuvių santykių Prūsijos Lietuvoje istorijai, XX amžiaus politinėms ir socialinėms peripetijoms, kurias patyrė buvusios Rytų Prūsijos teritorijos, Žemaitijos regiono praeičiai. Buvo atliekami Klaipėdos, Palangos ir kitų regiono miestų ir miestelių istoriniai ir archeologiniai tyrimai, analizuotos Kaliningrado srities ir buvusios Rytų Prūsijos istorinės problemos. Bendradarbiaujant su Lenkijos kolegomis, Istorijos centre buvo pradėta plėtoti Lietuvoje nauja mokslinių tyrimų sritis – povandeninė archeologija. Bendradarbiavimas su Nordostdeutsches Kulturwerk institutu Liuneburge (Vokietija) leido pradėti Klaipėdoje kaupti miesto istoriniams tyrimams reikalingą archyvą, Nidoje įsteigti Thomo Manno kultūros centrą, kaip įvairių tautų kultūrinio dialogo vietą.
Centro veiklą 1992–2003 m., atsižvelgdama į istorinių tyrimų prioritetus Baltijos jūros regione, koordinavo iš Lietuvos, Vokietijos, Lenkijos, Latvijos ir Švedijos mokslininkų sudaryta Mokslo taryba, kuriai 1993–1999 m. vadovavo Dr. Eckhard Matthes, vėliau Prof. Dr. Udo Arnold. Aktyviai plėtodamas projektinę, tiriamąją ir organizacinę veiklą, VLPIC įtvirtino savo reputaciją Baltijos jūros regiono ir kt. šalių mokslinėje erdvėje. Ligi šiol besitęsiantis bendradarbiavimas su jose veikiančiomis mokslo tyrimų ir sklaidos organizacijomis leido VLPIC vykdyti regiono humanistikos tyrimų plėtrai aktualius tiriamuosius projektus, organizuoti konferencijas ir seminarus temomis, kuriomis Klaipėdos universiteto istorikai dažnai prabildavo pirmieji Lietuvoje.
Aukštas VLPIC akademinis potencialas ir organizacinė kontaktų su užsienio mokslo institucijomis patirtis nulėmė, kad 2003–2004 m. vykdant Klaipėdos universitete institucinius pokyčius, ilgiau kaip dešimtmetį veikęs Istorijos centras buvo reorganizuotas. Tuo metu Socialinių mokslų fakultetui priklausęs Vakarų Lietuvos ir Prūsijos istorijos centras nuo 2003 m. liepos 1 d. tapo atskiru fakulteto lygmens mokslinių tyrimų padaliniu – Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutu (BRIAI). Toks pertvarkymas tapo viena priemonių įgyvendinti augančias Universiteto ambicijas įtvirtinti savąjį mokslinių tyrimų potencialą Baltijos jūros regione.
Centro reorganizacija į Institutą leido pritraukti į Klaipėdą aukšto rango Lietuvos ir užsienio mokslininkų, formuoti bendrą su Lietuvos istorijos institutu doktorantūrą, ši reorganizacija buvo ypač svarbi į bendradarbiavimą su Baltijos jūros regiono mokslinių tyrimų institucijomis orientuotų archeologinių tyrimų plėtotei Klaipėdos universitete. Per kelerius metus BRIAI buvo sukurtas vienas stipriausių archeologijos tyrimų centrų Lietuvoje ir rytinėje Baltijos jūros pakrantėje.
Nuo 2016 m. sausio 1 d. BRIAI buvo pertvarkytas iš mokslinių tyrimų instituto į mokslo ir studijų institutą. Tai įgyvendinta įjungus į šio KU kamieninio padalinio sudėtį Istorijos katedrą (įst. 1993 m.), iki tol priklausiusią Humanitarinių mokslų fakultetui, kuri nuo 2016 m. sausio 1 d. tapo BRIAI šakiniu padaliniu – Istorijos ir archeologijos katedra. Nuo 2019 m. sausio 2 d. katedra kaip atskiras padalinys panaikinta, perduodant jos koordinuotas studijų programas kuruoti BRIAI.
