Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto mokslininkai palaiko dalykinius ryšius ir bendradarbiauja projektinėje, tiriamojoje, mokslo sklaidos sferoje su šiomis mokslo tyrimų ir sklaidos institucijomis:

Lietuvoje:

• Gargždų krašto muziejumi;
• Kretingos muziejumi;
• Lietuvos jūrų muziejumi Klaipėdoje;
• Lietuvos istorijos institutu Vilniuje;
• Lietuvos nacionaliniu muziejumi Vilniuje;
• Mažosios Lietuvos istorijos muziejumi Klaipėdoje;
• BĮ Neringos muziejai;
• Palangos kurorto muziejumi;
• Šilutės Hugo Šojaus muziejumi;
• Thomo Manno kultūros centru Nidoje;
• Vilniaus dailės akademija;
• Vilniaus universiteto Istorijos fakultetu;
• Vytauto Didžiojo karo muziejumi Kaune;
• Vytauto Didžiojo universiteto Humanitarinių mokslų fakultetu;
• Žemaičių dailės muziejumi Plungėje;

Vokietijoje:

• Antisemitizmo studijų centru (Zentrum für Antisemitismusforschung) prie Berlyno technikos universiteto;
• Baltijos jūros akademija (Ostsee-Akademie, Lübeck-Travemünde) ir jos veiklą pratęsusia 2001 m. įsteigta Baltijos akademija (Academia Baltica, Sankelmark-Oeversee);
• Gottorfo pilies Šlėzvigo-Holšteino žemės muziejų fondo (Stiftung Schleswig–Holsteinische Landesmuseen Schloß Gottorf) Archeologijos muziejumi (Archälogisches Landesmeuseum) bei Baltijos ir Skandinavijos regiono archeologijos centru (Zentrum für Baltische und Skandinavische Archäologie, ZBSA);
• Greifswaldo universiteto (Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald) Filosofijos fakulteto Istorijos institutu;
• Herderio institutu (Herder-Institut) Vidurio Rytų Europos istoriniams tyrimams Marburge;
• Humboldtų universiteto Berlyne Meno ir vaizdo istorijos institutu (Institut für Kunst- und Bildgeschichte);
• Kielio universiteto (Christian-Albrechts-Universität zu Kiel) Priešistorės ir ankstyvosios istorijos institutu bei Istorijos seminaru;
• Lenkijos mokslų akademijos istorinių tyrimų centru Berlyne (Centrum Badań Historycznych Polskiej Akademii Nauk w Berlinie);
• Rytų ir Vakarų Prūsijos istorinių tyrimų komisija (Historische Kommission ost- und westpreußischer Landesforschung);
• Rostocko laivų statybos ir jūreivystės muziejumi (Schiffbau- und Schifffahrtsmuseum, Rostock);
• Vokiečių kultūros ir istorijos Rytų Europoje federaliniu institutu (Bundesinstitut für Kultur und Geschichte der Deutschen im östlichen Europa) prie Oldenburgo universiteto;
• Vokiečių kultūros ir istorijos Šiaurės Rytų Europoje institutu (Institut für Kultur und Geschichte der Deutschen in Nordosteuropa) prie Hamburgo universiteto Lüneburge;
• Vokietijos archeologijos instituto Romėnų-germanų komisija (Römisch-Germanische Kommission) Frankfurte prie Maino;

Lenkijoje:

• Aleksandro Gieysztoro humanitarine akademija Pułtuske (Akademia humanistyczna im. Aleksandra Gieysztora);
• Wojciecho Kętrzyńskio mokslinių tyrimų institutu (Ośrodek Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego, Olsztyn) Olštyne;
• Kultūros draugija „Borussia“ (Stowarzyszenie Wspólnota Kulturowa „Borussia“, Olsztyn) Olštyne;
• Torunės M. Koperniko universiteto (Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu) Archeologijos institutu bei Istorijos ir archyvistikos institutu;
• Valstybiniu archeologijos muziejumi Varšuvoje (Państwowe Muzeum Archeologiczne w Warszawie);
• Varmijos-Mozūrijos universiteto Olštyne (Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie) Humanistikos fakulteto Istorijos ir tarptautinių santykių institutu;
• Vokietijos istorijos institutu Varšuvoje (Deutsches Historisches Institut Warschau);
• Zygmunto Wojciechowskio mokslinių tyrimų institutu (Instytut Zachodni) Poznanėje;

Latvijoje:

• Latvijos universiteto (Latvijas Universitāte) Istorijos ir filosofijos fakultetu Rygoje;
• Latvijos nacionaliniu istorijos muziejumi (Latvijas Nacionālais vēstures muzejs) Rygoje;

Estijoje:

• Talino universiteto (Tallinna Ülikool) Istorijos, archeologijos ir meno istorijos institutu;
• Tartu universiteto (Tartu Ülikool) Istorijos ir archeologijos institutu.

Švedijoje:

• Švedijos valstybiniu istorijos muziejumi (Statens historiska museum) Stokholme;

Rusijoje:

• Imanuelio Kanto Baltijos federalinio universiteto Kaliningrade Humanitarinių mokslų institutu;
• Rusijos mokslų akademijos Archeologijos institutu Maskvoje.

Palaikomi ryšiai su mokslininkais, dirbančiais daugelyje kitų Vokietijos, Lenkijos, Latvijos, Estijos, Rusijos, Švedijos, JAV, Jungtinės Karalystės, Prancūzijos, Danijos institucijų.